全片的故事架构几乎与《异形》首部曲完全一致，殖民飞船—船员苏醒——收到太空信号——前往未知星球——感染病菌——遭遇异形——消灭异形——继续太空之旅，在群像角色中也再次突出了一位果敢顽强、“西格妮·韦弗式”的女性超级英雄，这一部的女英雄由《神奇动物在哪里》女主凯瑟琳·沃特斯顿饰演。
屠刀架到造物主脖颈 生存还是毁灭？
《异形：契约》出现了最新一代的生化人沃尔特，性能优于前代大卫，但情感范围有限，他被设计为忠于契约号船员，首要任务就是为船员提供保护和服务，“法鲨”称其为“超级管家”。片中的大卫在风格设计上更接近前作《普罗米修斯》，《普罗米修斯》中，大卫在创造人类的工程师的飞船内了解到太空的浩瀚与生命的美妙后，渐渐生出取代人类并让自己成为新的更高级的造物主的想法。这一段落叙事节奏虽慢但信息量大，导演并不急于展示视觉冲击，对大卫真实内心的揭示才是重点，展现其狡诈颠覆性的一面。片中多次用底光对大卫的脸部的进行光线造型，凸显一丝阴森与邪恶。于此同时，导演雷德利·斯科特用镜头纪录了大卫充满创造性的一面——演奏音乐、绘画，不仅把大卫这人物塑造的更加丰满，同时也在突出生化人的优异性。《北青报》电影记者称赞“法鲨到位的诠释就使影片有了新意。”
两代生化人在片中代表着“More like machines”与“More like human”之间的理念对抗。同时，《异形：契约》延续了《普罗米修斯》中对造物的思考，强化了对这一话题的探讨，由前作的人类起源话题过渡到了对异形起源的进一步揭秘，构架这两大问题的桥梁正是生化人。生化人，这个被人所创造并被要求服务于人类的非生命体最终在渐渐增强的自我意识下反过来实现了对人类的控制。
《异形：契约》开场大卫与他的造物主维兰德（盖·皮尔斯 饰）之间关于主人与仆人的讨论，大卫反问主人“If you create me, who create you（如果你创造了我，那么谁又创造了你呢）”，以此暗示了影片内里的核心仍是对“造物”的求索，至于异形，从意义层面上讲，倒像是一种附属存在。结尾，当女主丹尼尔丝以为终于解决掉异形，进入睡眠舱做准备入眠时，才意识到管理整个契约号的生化人不是沃尔特，而是长相一摸一样的大卫，这场异形危机的幕后黑手。大卫将新种异形胚胎带上契约号，飞向新星球，此时瓦格纳的交响曲《众神进入英灵殿》响起，这俨然是对整个系列的颠覆，简直是神来之笔！在《普罗米修斯》中人类向自己的造物主发起了挑战，而在《异形：契约》中生化人直接向造物主举起了屠刀。“有时在创造前，必须要毁灭。”这是大卫在《普罗米修斯》中说过的话，在《契约》中他彻底予以贯彻，细思极恐，令人生畏。
